jQueryとかJavaScriptじゃなく、Css3のアニメーションって何かをきっかけに動かすとか止めるとかできるんかな?と思い。
結論としては、できるみたい。
JavaScriptで
(function(){ $('.box').on('click', function(){ var me = this; me.style.webkitAnimation = 'none'; setTimeout(function() { me.style.webkitAnimation = ''; }, 1000); }); })();
ここではboxクラスのついた要素をクリックすることで、動作を止めてます。
そして1秒後に再スタートさせたり。
止める
対象要素.style.webkitAnimation = 'none';
再度動かす
対象要素.style.webkitAnimation = '';
連続クオートで空文字を代入して、再起動。
注:webkitでしか試してませんが、おそらく対象要素.style.MozAnimationで同じことができるはず・・。